Pod względem hydrogeologicznym, gmina Kotuń położona jest w Podregionie Środkowo-Mazowieckim, w którym użytkowy poziom wodonośny występuje w utworach kredy, trzeciorzędu i czwartorzędu.

Wody powierzchniowe

Gmina Kotuń położona jest w zlewni Liwca, lewobrzeżnego dopływu Bugu. Sieć hydrograficzna na terenie gminy jest rozwinięta stosunkowo dobrze, a przepływające przez teren gminy rzeki posiadają wiele mniejszych, uregulowanych dopływów.